Brand bröt ut i det naturhistoriska museet Kieppi i musekvarteret i Karleby.
Räddningsverket fick larmet klockan 3 på natten till tisdag.
Lågor slog ut ur den gamla träbyggnaden i hörnet av Långbrogatan och Östra kyrkogatan ännu efter klockan 7. Branden är nu släkt men eftersläcknignsarbetet kommer att pågå hela dagen.
I den nu förstörda byggnaden finns bland annat museets lager och kontorsutrymmen.