Luonnon salaiset kansiot tutkii kolmea uutta luonnon mysteeriä. Espanjassa jokihirviö hyökkäilee veden äärellä ruokailevien pulujen kimppuun. Meksikonlahdella maailman harvinaisimpia merikilpikonnia huuhtoutuu rantaan kuolleena yhden Yhdysvaltain pahimman öljyonnettomuuden jälkeen, mutta öljyä ei näy. Jokin tekee Australiassa kenguruista sokeita, mutta kukaan ei tiedä mikä.