(Maze Runner 2/2015) Vuosia sitten äiti vie poikansa karanteenialueella junaan. Nykyajassa Thomas (Dylan O'Brien) ja muut Gladersit saapuvat tuhottuun kaupunkiin paettuaan täpärästi Labyrintista. Heidän kimppuunsa hyökkää lauma ihmisiä, joista virus on tehnyt raakalaismaisia petoja. Raskaasti aseistautuneet palkkasoturit pelastavat heidät. Gladersit saatetaan laitokseen, jota johtaa Janson (Aiden Gillen). He saavat ruokaa ja turvaa ulkopuolella odottavilta vaaroilta. Thomas tapaa Minhon (Ki Hong Lee) ruokalassa, jossa he tutustuvat muihin selviytyneisiin. He tajuavat, etteivät olleet ainoita, jotka pakenivat Labyrintista. Thomas on utelias Jansonin ja tämän henkilökunnan motivaation suhteen. Arisin (Jacob Lofland) avulla heille selviää, että Janson on WCKD:n palveluksessa ja että Ava (Patricia Clarkson) on yhä elossa. Kun Gladersit saavat tietää, että immuuneilla tehdään kokeita, he pakenevat. He huomaavat olevansa aavikolla. Pian heidän kimppuunsa hyökkäävät infektoidut, jotka tartuttavat Winstonin (Alexander Flores). WKCD:n joukot jahtaavat heitä yhä, joten he jatkavat matkaa, kunnes Winstonin tartunta pahenee ja hän päätyy tekemään itsemurhan. Epätoivoiset Gladersit löytävät ankeuden keskeltä sattumalta rakennuksen ja tapaavat Brendan (Rosa Salazar) ja Jorgen (Giancarlo Esposito). He ovat strategisesti käyttäneet infektoituja puolustusjärjestelmänä, mutta silti WCKD:n joukot tunkeutuvat tukikohtaan. Jorge räjäyttää piilotetut räjähteet, mutta erottaa Thomasin ja Brendan muista Gladerseista. Pari pääsee täpärästi pakoon ja Brenda saa tartunnan. Liityttyään taas muihin he saavat selville, että Marcus (Alan Tudyk) on WKCD:n myyrä. Kun häntä kidutetaan, hän paljastaa vastarintaorganisaation sijainnin. Gladersit tapaavat organisaation johtajan Vincen (Barry Pepper), jolla on valta päättää, voivatko he jäädä. Brendan tila huononee ja Vince uhkaa häntä aseella. Mary (Lili Taylor) saa suostuteltua Vincen säästämään Brendan ja hoitaa tämän tartuntaa entsyymihoidolla.